@article{BorgmeierBongaertsMeinhardt2012,
  author    = {Borgmeier, Claudia and Bongaerts, Johannes and Meinhardt, Friedhelm},
  title     = {Genetic analysis of the Bacillus licheniformis degSU operon and the impact of regulatory mutations on protease production},
  series = {Journal of biotechnology},
  volume    = {159},
  journal   = {Journal of biotechnology},
  number    = {1-2},
  publisher = {Elsevier},
  address   = {Amsterdam},
  issn      = {1873-4863 (E-Journal); 0168-1656 (Print)},
  doi       = {10.1016/j.jbiotec.2012.02.011},
  pages     = {12 -- 20},
  year      = {2012},
  abstract  = {Disruption experiments targeted at the Bacillus licheniformis degSU operon and GFP-reporter analysis provided evidence for promoter activity immediately upstream of degU. pMutin mediated concomitant introduction of the degU32 allele - known to cause hypersecretion in Bacillus subtilis - resulted in a marked increase in protease activity. Application of 5-fluorouracil based counterselection through establishment of a phosphoribosyltransferase deficient Δupp strain eventually facilitated the marker-free introduction of degU32 leading to further protease enhancement achieving levels as for hypersecreting wild strains in which degU was overexpressed. Surprisingly, deletion of rapG - known to interfere with DegU DNA-binding in B. subtilis - did not enhance protease production neither in the wild type nor in the degU32 strain. The combination of degU32 and Δupp counterselection in the type strain is not only equally effective as in hypersecreting wild strains with respect to protease production but furthermore facilitates genetic strain improvement aiming at biological containment and effectiveness of biotechnological processes.},
  language  = {en}
}
@article{SchoeningBiselliSelmeretal.2012,
  author    = {Sch{\"o}ning, Michael Josef and Biselli, Manfred and Selmer, Thorsten and {\"O}hlschl{\"a}ger, Peter and Baumann, Marcus and F{\"o}rster, Arnold and Poghossian, Arshak},
  title     = {Forschung „zwischen" den Disziplinen: das Institut f{\"u}r Nano- und Biotechnologien},
  series = {Analytik news : das Online-Labormagazin f{\"u}r Labor und Analytik},
  volume    = {Publ. online},
  journal   = {Analytik news : das Online-Labormagazin f{\"u}r Labor und Analytik},
  publisher = {Dr. Beyer Internet-Beratung},
  address   = {Ober-Ramstadt},
  pages     = {11 Seiten},
  year      = {2012},
  abstract  = {"Biologie trifft Mikroelektronik", das Motto des Instituts f{\"u}r Nano- und Biotechnologien (INB) an der FH Aachen, unterstreicht die zunehmende Bedeutung interdisziplin{\"a}r gepr{\"a}gter Forschungsaktivit{\"a}ten. Der thematische Zusammenschluss grundst{\"a}ndiger Disziplinen, wie die Physik, Elektrotechnik, Chemie, Biologie sowie die Materialwissenschaften, l{\"a}sst neue Forschungsgebiete entstehen, ein herausragendes Beispiel hierf{\"u}r ist die Nanotechnologie: Hier werden neue Werkstoffe und Materialien entwickelt, einzelne Nanopartikel oder Molek{\"u}le und deren Wechselwirkung untersucht oder Schichtstrukturen im Nanometerbereich aufgebaut, die neue und vorher nicht bekannte Eigenschaften hervorbringen. Vor diesem Hintergrund b{\"u}ndelt das im Jahre 2006 gegr{\"u}ndete INB die an der FH Aachen vorhandenen Kompetenzen von derzeit insgesamt sieben Laboratorien auf den Gebieten der Halbleitertechnik und Nanoelektronik, Nanostrukturen und DNA-Sensorik, der Chemo- und Biosensorik, der Enzymtechnologie, der Mikrobiologie und Pflanzenbiotechnologie, der Zellkulturtechnik, sowie der Roten Biotechnologie synergetisch. In der Nano- und Biotechnologie steckt außergew{\"o}hnliches Potenzial! Nicht zuletzt deshalb stellen sich die Forscher der Herausforderung, in diesem Bereich gemeinsam zu forschen und Schnittstellen zu nutzen, um so bei der Gestaltung neuartiger Ideen und Produkte mitzuwirken, die zuk{\"u}nftig unser allt{\"a}gliches Leben ver{\"a}ndern werden. Im Folgenden werden die verschiedenen Forschungsbereiche kurz zusammenfassend vorgestellt und vorhandene Interaktionen anhand von exemplarisch ausgew{\"a}hlten, aktuellen Forschungsprojekten skizziert.},
  language  = {de}
}
@article{BaeckerRaueSchusseretal.2012,
  author    = {B{\"a}cker, Matthias and Raue, Markus and Schusser, Sebastian and Jeitner, C. and Breuer, L. and Wagner, P. and Poghossian, Arshak and F{\"o}rster, Arnold and Mang, Thomas and Sch{\"o}ning, Michael Josef},
  title     = {Microfluidic chip with integrated microvalves based on temperature- and pH-responsive hydrogel thin films},
  series = {Physica Status Solidi (a)},
  volume    = {209},
  journal   = {Physica Status Solidi (a)},
  number    = {5},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {1862-6319},
  doi       = {10.1002/pssa.201100763},
  pages     = {839 -- 845},
  year      = {2012},
  abstract  = {Two types of microvalves based on temperature-responsive poly(N-isopropylacrylamide) (PNIPAAm) and pH-responsive poly(sodium acrylate) (PSA) hydrogel films have been developed and tested. The PNIPAAm and PSA hydrogel films were prepared by means of in situ photopolymerization directly inside the fluidic channel of a microfluidic chip fabricated by combining Si and SU-8 technologies. The swelling/shrinking properties and height changes of the PNIPAAm and PSA films inside the fluidic channel were studied at temperatures of deionized water from 14 to 36 °C and different pH values (pH 3-12) of Titrisol buffer, respectively. Additionally, in separate experiments, the lower critical solution temperature (LCST) of the PNIPAAm hydrogel was investigated by means of a differential scanning calorimetry (DSC) and a surface plasmon resonance (SPR) method. Mass-flow measurements have shown the feasibility of the prepared hydrogel films to work as an on-chip integrated temperature- or pH-responsive microvalve capable to switch the flow channel on/off.},
  language  = {en}
}
@article{LempiaeinenCouttetBolognanietal.2012,
  author    = {Lempi{\"a}inen, Harri and Couttet, Philippe and Bolognani, Federico and M{\"u}ller, Arne and Dubost, Val{\´e}rie and Luisier, Rapha{\"e}lle and Rio-Espinola, Alberto del and Vitry, Veronique and Unterberger, Elif B. and Thomson, John P. and Treindl, Fridolin and Metzger, Ute and Wrzodek, Clemens and Hahne, Florian and Zollinger, Tulipan and Brasa, Sarah and Kalteis, Magdalena and Marcellin, Magali and Giudicelli, Fanny and Braeuning, Albert and Morawiec, Laurent and Zamurovic, Natasa and L{\"a}ngle, Ulrich and Scheer, Nico and Sch{\"u}beler, Dirk and Goodman, Jay and Chibout, Salah-Dine and Marlowe, Jennifer and Theil, Dietlinde and Heard, David J. and Grenet, Olivier and Zell, Andreas and Templin, Markus F. and Meehan, Richard R. and Wolf, Roland C. and Elcombe, Clifford R. and Schwarz, Michael and Moulin, Pierre and Terranova, R{\´e}mi and Moggs, Jonathan G.},
  title     = {Identification of Dlk1-Dio3 imprinted gene cluster non-coding RNAs as novel candidate biomarkers for liver tumor promotion},
  series = {Toxicological Sciences},
  volume    = {131},
  journal   = {Toxicological Sciences},
  number    = {2},
  publisher = {Oxford University Press},
  address   = {Oxford},
  issn      = {1094-2025},
  doi       = {10.1093/toxsci/kfs303},
  pages     = {375 -- 386},
  year      = {2012},
  abstract  = {The molecular events during nongenotoxic carcinogenesis and their temporal order are poorly understood but thought to include long-lasting perturbations of gene expression. Here, we have investigated the temporal sequence of molecular and pathological perturbations at early stages of phenobarbital (PB) mediated liver tumor promotion in vivo. Molecular profiling (mRNA, microRNA [miRNA], DNA methylation, and proteins) of mouse liver during 13 weeks of PB treatment revealed progressive increases in hepatic expression of long noncoding RNAs and miRNAs originating from the Dlk1-Dio3 imprinted gene cluster, a locus that has recently been associated with stem cell pluripotency in mice and various neoplasms in humans. PB induction of the Dlk1-Dio3 cluster noncoding RNA (ncRNA) Meg3 was localized to glutamine synthetase-positive hypertrophic perivenous hepatocytes, sug- gesting a role for β-catenin signaling in the dysregulation of Dlk1-Dio3 ncRNAs. The carcinogenic relevance of Dlk1-Dio3 locus ncRNA induction was further supported by in vivo genetic dependence on constitutive androstane receptor and β-catenin pathways. Our data identify Dlk1-Dio3 ncRNAs as novel candidate early biomarkers for mouse liver tumor promotion and provide new opportunities for assessing the carcinogenic potential of novel compounds.},
  language  = {en}
}
@misc{SchumannRoginSchneideretal.2012,
  author    = {Schumann, C. and Rogin, S. and Schneider, H. and Oster, J. and Tippk{\"o}tter, Nils and Kampeis, P.},
  title     = {Steuerung von HGMS-Prozessen mittels Durchflusszytometrie},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {84},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {8},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201250125},
  pages     = {1370},
  year      = {2012},
  abstract  = {Die Hochgradientenmagnetseparation (HGMS) ist eine Methode zur Aufreinigung von biopharmazeutischen Produkten. Mit dieser Methode l{\"a}sst sich in nur einem Schritt eine Fest/Fest/Fl{\"u}ssig-Trennung erzielen, was zu einer erheblichen Zeit- und Kostenersparnis im Downstreaming f{\"u}hrt. Dennoch steht ihr industrieller Einsatz noch aus, was u. a. am Mangel an Analysenmethoden liegt, um die HGMS quantifizierbar zu machen. Gerade in der Pharmaproduktion werden Prozesse gebraucht, die gem{\"a}ß den einschl{\"a}gigen Vorschriften (cGMP) validiert und deren verfahrenstechnische Anlagenteile qualifiziert werden k{\"o}nnen. Die Schwierigkeit ist die Messung der magnetischen Mikrosorbentien in der Suspension, in der auch Zellen oder Zelltr{\"u}mmer vorliegen. Im Rahmen eines Forschungsprojektes im „Zentralen Innovationsprogramm Mittelstand" des BMWi wurden verschiedene Analysenmethoden untersucht. Die Durchflusszytometrie erm{\"o}glicht eine Charakterisierung von Partikeln und eine simultane quantitative Messung. Durch die multiparametrige Messung kann zwischen Zellen, Zelltr{\"u}mmern und Magnetpartikeln unterschieden werden. Die At-line-Einbindung des Durchflusszytometers ist durch den Einsatz einer externen Pumpe m{\"o}glich. {\"U}ber eine automatisierte Messwertanalyse kann der HGMS-Prozess mittels der Durchflusszytometrie gesteuert werden.},
  language  = {de}
}
@misc{TippkoetterUlber2012,
  author    = {Tippk{\"o}tter, Nils and Ulber, Roland},
  title     = {Rezension zu: Encyclopedia of Industrial Biotechnology, Vol. 1-7. By MC Flickinger.},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {6},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {84},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201290052},
  pages     = {936},
  year      = {2012},
  language  = {en}
}
@misc{TippkoetterStaubSohlingetal.2012,
  author    = {Tippk{\"o}tter, Nils and Staub, C. and Sohling, U. and Ruf, N. and Ulber, Roland},
  title     = {Adsorptive Aufreinigung von Molkeproteinen},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {84},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {8},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201250395},
  pages     = {1285},
  year      = {2012},
  abstract  = {In der Molkeverarbeitung dominieren Membranfiltrationsverfahren die Prozessf{\"u}hrung. Hierbei werden {\"u}blicherweise Aufkonzentrierungen der Proteine und deren Trennung von dem Milchzucker Lactose durchgef{\"u}hrt. Der Prozess der adsorptiven Aufreinigung soll als kosteng{\"u}nstige Alternative zu den bisher gebr{\"a}uchlichen Verfahren dienen. Weiterhin er{\"o}ffnet sich durch das Verfahren die M{\"o}glichkeit, einzelne Proteinfraktionen w{\"a}hrend der Verarbeitung anzureichern. Als Proteinquellen wurden f{\"u}r die Untersuchungen Modellproteine, L{\"o}sungen aus Molkenproteinisolat, D{\"u}nnmolke und Molkekonzentrat verwendet. Die Eignung zur Proteinbindung wurden an Tonmaterialien, Silicaten und y-Aluminiumoxiden in Pulverform, in Form von Granulaten sowie Extrudaten als auch sph{\"a}rischen Partikeln {\"u}berpr{\"u}ft. Adsorbentien aus Bentonit/Silica und c-Aluminiumoxid k{\"o}nnen sowohl a-Lactalbumin (aLA) als auch b-Lactoglobulin (bLG) binden, wohingegen Materialien aus Siliciumoxid lediglich ein starkes Adsorptionsverhalten gegen{\"u}ber bLG zeigen. Mischmaterialien aus Siliciumoxid und a-Aluminiumoxid zeigen dasselbe Verhalten wie Materialien aus Siliciumoxid, weisen jedoch eine geringere Kapazit{\"a}t auf. Die Materialen wurden hinsichtlich ihres Einsatzes in chromatographischen Verfahren und Batch-Prozessen untersucht und ein Prozessentwurf f{\"u}r einen zweistufigen Batch-Prozess im R{\"u}hrkessel erarbeitet.},
  language  = {de}
}
@article{ScheerBalimaneHaywardetal.2012,
  author    = {Scheer, Nico and Balimane, Praveen and Hayward, Michael D. and Buechel, Sandra and Kauselmann, Gunther and Wolf, C. Roland},
  title     = {Generation and Characterization of a Novel Multidrug Resistance Protein 2 Humanized Mouse Line},
  series = {Drug Metabolism and Disposition},
  volume    = {40},
  journal   = {Drug Metabolism and Disposition},
  number    = {11},
  publisher = {ASPET},
  address   = {Bethesda, Md.},
  issn      = {1521-0111},
  doi       = {10.1124/dmd.112.047605},
  pages     = {2212 -- 2218},
  year      = {2012},
  abstract  = {The multidrug resistance protein (MRP) 2 is predominantly expressed in liver, intestine, and kidney, where it plays an important role in the excretion of a range of drugs and their metabolites or endogenous compounds into bile, feces, and urine. Mrp knockout [Mrp2(-/-)] mice have been used recently to study the role of MRP2 in drug disposition. Here, we describe the first generation and initial characterization of a mouse line humanized for MRP2 (huMRP2), which is nulled for the mouse Mrp2 gene and expresses the human transporter in the organs and cell types where MRP2 is normally expressed. Analysis of the mRNA expression for selected cytochrome P450 and transporter genes revealed no major changes in huMRP2 mice compared with wild-type controls. We show that human MRP2 is able to compensate functionally for the loss of the mouse transporter as demonstrated by comparable bilirubin levels in the humanized mice and wild-type controls, in contrast to the hyperbilirubinemia phenotype that is observed in MRP2(-/-) mice. The huMRP2 mouse provides a model to study the role of the human transporter in drug disposition and in assessing the in vivo consequences of inhibiting this transporter by compounds interacting with human MRP2.},
  language  = {en}
}
@misc{SiekerTippkoetterMuffleretal.2012,
  author    = {Sieker, T. and Tippk{\"o}tter, Nils and Muffler, K. and Ulber, Roland},
  title     = {Herstellung von Ethanol, Phenols{\"a}uren, organischen S{\"a}uren und Biogas durch vollst{\"a}ndige Nutzung von Grassilage in einer Bioraffinerie},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {84},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {8},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201250415},
  pages     = {1297},
  year      = {2012},
  abstract  = {Gr{\"a}ser sind in der Lage, einen großen Teil der f{\"u}r eine biobasierte Wirtschaft ben{\"o}tigten Biomasse zur Verf{\"u}gung zustellen. Um eine ganzj{\"a}hrige Nutzung des Grases zu gew{\"a}hrleisten, muss eine stabile Lagerung des Grases erreicht werden, was z. B. durch Silieren m{\"o}glich ist. Die konservierende Wirkung der Silierung beruht auf der Bildung organischer S{\"a}uren. Um diese zu gewinnen, wird die Silage gepresst, die organischen S{\"a}uren {\"u}ber Fl{\"u}ssig/Fl{\"u}ssig-Extraktion aus dem Presssaft abgetrenntund mittels chromatographischer Methoden weiter aufgereinigt. Im pr{\"a}sentierten Konzept werden die im Presskuchen enthaltenen Lignocellulosen hydrolysiert und die erhaltenen Monosaccharide zu Ethanol fermentiert. Die Phenols{\"a}uren, die in Gr{\"a}sern die Rolle des Lignins {\"u}bernehmen, k{\"o}nnen simultan mit der Hydrolyse der Polysaccharide enzymatisch abgetrennt und als Nebenprodukt gewonnen werden. Die nach der Abtrennung des Ethanols verbleibenden Fermentationsreststoffe werden f{\"u}r die Herstellung von Biogas verwendet.},
  language  = {de}
}
@misc{WollnyStadtmuellerTippkoetteretal.2012,
  author    = {Wollny, S. and Stadtm{\"u}ller, R. and Tippk{\"o}tter, Nils and Oster, J. and Kampeis, P. and Ulber, Roland},
  title     = {Optimierung der selektiven Aufarbeitung von Proteinen mit Aptamer-funktionalisierten Magnetpartikeln},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {84},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {8},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201250031},
  pages     = {1203},
  year      = {2012},
  abstract  = {Die Herstellung pharmakologisch relevanter Proteine durch Mikroorganismen f{\"u}hrt eine mehrstufige Aufarbeitung mit sich. Durch die Verwendung von Aptameren, kurzen einzelstr{\"a}ngigen DNA- oder RNA-Oligonukleotiden immobilisiert auf funktionalisierten, wiederverwendbaren Magnetpartikeln, k{\"o}nnen mehrere dieser Abtrennungsoperationen kombiniert und damit die Prozesskosten minimiert werden. Aufgrund der definierten dreidimensionalen Struktur k{\"o}nnen Aptamere kleine organische Molek{\"u}le hochspezifisch binden. Im vorgestellten Projekt wird die Aufarbeitung von His6-GFP als Modellprotein mithilfe der mit Aptamer funktionalisierten Magnetpartikel durchgef{\"u}hrt. In bisherigen Versuchen wurde die Bindung von Aptameren auf den magnetischen Partikeln sowie die Bindung des Modellproteins GFP auf den Partikeln optimiert. Des Weiteren wurden mehrere Strategien zur Elution des GFPs von den Partikeln verfolgt, um den Proteinertrag zu maximieren und die Partikel rezyklieren zu k{\"o}nnen. Die Untersuchung unspezifischer Bindungen von Zelltr{\"u}mmern und Proteinen an die Magnetpartikel wurde mithilfe eines konfokalen Laser-Scanning-Mikroskops durchgef{\"u}hrt.},
  language  = {de}
}