@article{SalpatiChuChenetal.2014,
  author    = {Salpati, Laurent and Chu, Xiaoyan and Chen, Liangfu and Prasad, Bhagwat and Dallas, Shannon and Evers, Raymond and Mamaril-Fishman, Donna and Geier, Ethan G. and Kehler, Jonathan and Kunta, Jeevan and Mezler, Mario and Laplanche, Loic and Pang, Jodie and Soars, Matthew G. and Unadkat, Jashvant D. and van Waterschoot, Robert A.B. and Yabut, Jocelyn and Schinkel, Alfred H. and Scheer, Nico and Rode, Anja},
  title     = {Evaluation of organic anion transporting polypeptide 1B1 and 1B3 humanized mice as a translational model to study the pharmacokinetics of statins},
  series = {Drug Metabolism and Disposition},
  volume    = {42},
  journal   = {Drug Metabolism and Disposition},
  number    = {8},
  publisher = {ASPET},
  address   = {Bethesda, Md.},
  issn      = {1521-009X},
  doi       = {10.1124/dmd.114.057976},
  pages     = {1301 -- 1313},
  year      = {2014},
  abstract  = {Organic anion transporting polypeptide (Oatp) 1a/1b knockout and OATP1B1 and -1B3 humanized mouse models are promising tools for studying the roles of these transporters in drug disposition. Detailed characterization of these models will help to better understand their utility for predicting clinical outcomes. To advance this approach, we carried out a comprehensive analysis of these mouse lines by evaluating the compensatory changes in mRNA expression, quantifying the amounts of OATP1B1 and -1B3 protein by liquid chromatography-tandem mass spectrometry, and studying the active uptake in isolated hepatocytes and the pharmacokinetics of some prototypical substrates including statins. Major outcomes from these studies were 1) mostly moderate compensatory changes in only a few genes involved in drug metabolism and disposition, 2) a robust hepatic expression of OATP1B1 and -1B3 proteins in the respective humanized mouse models, and 3) functional activities of the human transporters in hepatocytes isolated from the humanized models with several substrates tested in vitro and with pravastatin in vivo. However, the expression of OATP1B1 and -1B3 in the humanized models did not significantly alter liver or plasma concentrations of rosuvastatin and pitavastatin compared with Oatp1a/1b knockout controls under the conditions used in our studies. Hence, although the humanized OATP1B1 and -1B3 mice showed in vitro and/or in vivo functional activity with some statins, further characterization of these models is required to define their potential use and limitations in the prediction of drug disposition and drug-drug interactions in humans.},
  language  = {en}
}
@misc{TippkoetterRothMoehringetal.2014,
  author    = {Tippk{\"o}tter, Nils and Roth, J. and M{\"o}hring, M. and Wulfhorst, H. and Ulber, Roland},
  title     = {Verwertung von Bioraffinerie-Stoffstr{\"o}men am Beispiel von Einzellerproteinen},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450257},
  pages     = {1399 -- 1400},
  year      = {2014},
  abstract  = {Die Nutzung von Biomasse aus pflanzlichen Abf{\"a}llen f{\"u}r die stoffliche Verwertung r{\"u}ckt immer st{\"a}rker in den Vordergrund. Dabei ist vor allem die ganzheitliche Verwertung der Stoffstr{\"o}me von Bedeutung, da diese einen integrativen Ansatz erm{\"o}glichen. Im Rahmen dieser Arbeit wird die Produktion von Einzellerproteinen (Single-Cell Proteins, SCPs) mithilfe von unterschiedlichen Rohsubstraten dargelegt. Somit k{\"o}nnen Reststoffstr{\"o}me, die in keiner Konkurrenz zur Produktion von Lebensmitteln stehen, f{\"u}r die Herstellung von Futter- und auch Nahrungsmitteln Verwendung finden. Die zun{\"a}chst thermisch vorbehandelten Ausgangsmaterialien stammen aus forstwirtschaftlichen und gr{\"u}nen Abf{\"a}llen und erm{\"o}glichen durch eine anschließende enzymatische Hydrolyse die Freisetzung von Monosacchariden. Aus diesen erfolgt die SCP-Produktion fermentativ mithilfe der drei Modellorganismen Bakterium, Hefe und Pilz. Hierf{\"u}r wird sowohl das fl{\"u}ssige Hydrolysat als auch der feste Reststoff auf der Basis einer Feststofffermentation genutzt. Auf diese Weise ist eine vollst{\"a}ndige Verwertung der Ausgangsmaterialien m{\"o}glich. Mit den gewonnen Daten erfolgt abschließend eine Bewertung der SCPs aus nachwachsenden Rohstoffen als alternative Proteinquelle.},
  language  = {de}
}
@misc{AlKaidyUlberTippkoetter2014,
  author    = {Al-Kaidy, H. and Ulber, Roland and Tippk{\"o}tter, Nils},
  title     = {Eine Plattform-Technologie f{\"u}r die automatisierte Reaktionsf{\"u}hrung in magnetisierbaren mikrofluidischen Tropfen},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450424},
  pages     = {1419 -- 1420},
  year      = {2014},
  abstract  = {{\"U}blicherweise werden biotechnologische Reaktionssysteme im mikrofluidischen Maßstab in vorstrukturierten Bauteilen oder mit auf Wellplatten basierenden Robotersystemen realisiert. In dem hier vorgestellten System werden chemische oder biologische Reaktionen mit magnetischen Mikroreaktoren (MR) durchgef{\"u}hrt, bei denen hydrophobe magnetische Mikropartikel einen w{\"a}ssrigen Kern umschließen. Solche MR bieten eine gute Kontrolle der Reaktionsbedingungen, eine verbesserte Sicherheit und Portabilit{\"a}t. Die neue Plattformtechnologie erm{\"o}glicht die zweidimensionale Bewegung der magnetischen MR auf einer planaren Ebene. Oberhalb oder unterhalb der Plattform werden Magnetfeldgradienten zum Manipulieren und Bewegen eines oder mehrerer magnetischer MR erzeugt. Die optimal auf die MR wirkenden magnetischen Kr{\"a}fte werden experimentell ermittelt und simuliert. Die Aktivierung der Magnetfelder wird automatisiert durch elektrische Spulen mit Eisenkern bzw. Neodymmagnet gesteuert. Angewendet wurde das System beim reversiblen {\"O}ffnen von MR, um z. B. Reaktionspartner in den w{\"a}ssrigen Kern zu injizieren oder Proben zu entnehmen. Ferner wurde Lac-case A und b-Glucosidase auf einer Quarzglasoberfl{\"a}che immobilisiert und mit einem MR zum Reagieren gebracht. Weiterhin wurden MR fusioniert und so ein w{\"a}ssriger Kern bestehend aus Laccase mit einem aus dem entsprechenden Substrat Syringaldazin vereint.},
  language  = {de}
}
@misc{TippkoetterDuweRaisetal.2014,
  author    = {Tippk{\"o}tter, Nils and Duwe, Anna and Rais, Dominik and Zibek, Susanne and Zorn, H.},
  title     = {Optimierung und Scale-up der enzymatischen Hydrolyse inkl. Ligninabbau},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450287},
  pages     = {1515},
  year      = {2014},
  abstract  = {Prim{\"a}re Ziele der Hydrolyse pflanzlicher nachwachsender Rohstoffe sind m{\"o}glichst hohe Zuckerkonzentrationen f{\"u}r nachfolgende Fermentationen und eine Maximierung der Produktivit{\"a}t. Zur Optimierung dieser Prozesse wird Organosolv-aufgeschlossene Buchenholz-Cellulose verwendet. Die Hydrolyse des Faserstoffes erfolgt mithilfe von Novozymes CTec2-Enzymen. Die Hydrolysen konnten durch neue R{\"u}hrerelemente auf einen Maßstab von 1000 L {\"u}bertragen werden. Dabei konnten maximale Ausbeuten (g Glucose g -1 Glucose im Faserstoff) bis 81 g g - 1 und Konzentrationen von 152 g L -1 erreicht werden. Zurzeit k{\"o}nnen unter Einsatz eines Feststoffreaktors Cellulosefasern in einer Konzentration bis 400 g L -1 enzymatisch hydrolysiert werden. Die cellulolytischen Enzyme stoßen bei hohen Feststoffkonzentrationen an ihre Grenzen. Mit steigendem Feststoffgehalt nimmt die Hydrolyseausbeute ab. Ein Ansatz zur Steigerung der Effizienz ist der Einsatz ligninolytischer Enzyme, die Ligninreste an der Organosolv-Cellulose aufschließen k{\"o}nnen. Eine solche Verbesserung der Zug{\"a}nglichkeit f{\"u}r cellulolytische Enzyme an ihr Substrat wurde durch Kultur{\"u}berst{\"a}nde verschiedener ligninolytischer Pilze erreicht. Mit Kultur{\"u}berst{\"a}nden von Stereum sp. sind Steigerungen der Glucoseausbeuten um bis zu 30 \% m{\"o}glich.},
  language  = {de}
}
@book{Berndt2014,
  author    = {Berndt, Heinz},
  title     = {Neue Kondensations-Methoden zur Synthese definierter Peptid-Derivate},
  address   = {Aachen},
  pages     = {XII, VI, 207 S. : graph. Darst.},
  year      = {2014},
  language  = {de}
}
@misc{TippkoetterMoehring2014,
  author    = {Tippk{\"o}tter, Nils and M{\"o}hring, S.},
  title     = {Nutzung von F{\"a}ulepilzen f{\"u}r die selektive Gewinnung von Cellulose und Lignin aus nicht vorbehandelter lignocellulosehaltiger Biomasse},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450353},
  pages     = {1385},
  year      = {2014},
  abstract  = {Einige Arten der Braun- und Weißf{\"a}ulepilze sind in der Lage, selektiv entweder Lignin oder Cellulose im Holz abzubauen. Diese Pilze k{\"o}nnen f{\"u}r eine energiesparende Vorbehandlung lignocellulosehaltiger Biomasse f{\"u}r Bioraffinerien genutzt werden, ohne auf technisch aufw{\"a}ndige Aufschlussapparate zur{\"u}ckgreifen zu m{\"u}ssen. Weißf{\"a}ulepilze bauen bevorzugt Lignin ab, wodurch die verbleibende Cellulose leichter f{\"u}r enzymatische Hydrolysen in das Monosaccharid Glucose zug{\"a}nglich wird. Braunf{\"a}ulepilze bauen dagegen Cellulose und Hemicellulose ab. Die Auswirkungen der Behandlung von Weizenstroh mit verschiedenen Pilzarten werden zurzeit untersucht. Dabei werden die Ver{\"a}nderung der enzymatischen Hydrolysierbarkeit des Substrats sowie die gebildeten Ligninderivate bestimmt. Detaillierte Betrachtungen der Biomassever{\"a}nderung werden mithilfe spezifischer F{\"a}rbemethoden durchgef{\"u}hrt, durch die morphologische Ver{\"a}nderungen der Pflanzengewebe in der 3D-Lichtmikroskopie dargestellt werden k{\"o}nnen.},
  language  = {de}
}
@misc{HeringUlberTippkoetter2014,
  author    = {Hering, T. and Ulber, Roland and Tippk{\"o}tter, Nils},
  title     = {Aktiver und passiver antimikrobieller Oberfl{\"a}chenschutz durch funktionalisierte Mikropartikel},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {9},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {86},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450264},
  pages     = {1474 -- 1475},
  year      = {2014},
  abstract  = {Mikrobielle Verunreinigungen von Oberfl{\"a}chen in technischen und medizinischen Systemen sind allgegenw{\"a}rtig. Sie basieren {\"u}blicherweise auf adsorptiven Oberfl{\"a}chenbindungen organischer Komponenten (Proteine und Fette) oder Membrankomponenten aerogener sowie wassergebundener Mikroorganismen. In laufenden Forschungsarbeiten wird eine aktive sowie passive Biomodifikation von Oberfl{\"a}chen zu deren Schutz vor Adsorption von Proteinen und Mikroorganismen verfolgt. Der antimikrobielle Schutz soll dabei sowohl durch die Mikrostrukturierung bzw. Rauheitsanpassung der Oberfl{\"a}chen durch deren Beschichtung mit Mikro-und Nanopartikeln erfolgen. Ferner werden antimikrobielle Enzyme und funktionelle Gruppen auf den Mikropartikeln gebunden, um den Oberfl{\"a}chenschutz zu verst{\"a}rken. In ersten Versuchen wurden quart{\"a}re Ammoniumverbindungen auf eigens synthetisierten superparamagnetischen Eisenoxid-Nanopartikeln (Durchmesser 10 - 30 nm) immobilisiert und die wachstumshemmende Wirkung untersucht. Erste Ergebnisse zeigten, dass eine Konzentration von 10 mg mL⁻¹ der Ammoniumverbindung in einer Wachstumshemmung des verwendeten Gram-negativen Modell-Mikroorganismus E. coli GFPmut2 resultiert. Zurzeit werden synergistisch wirkende Kombinationen von Partikeln mit Proteasen, quart{\"a}ren Ammoniumverbindungen, hydrophoben Oberfl{\"a}chen und mikrostrukturierten Oberfl{\"a}chen als antimikrobieller Schutz untersucht.},
  language  = {de}
}
@misc{DuweSchlegelTippkoetteretal.2014,
  author    = {Duwe, A. and Schlegel, C. and Tippk{\"o}tter, Nils and Ulber, Roland},
  title     = {Sequentielle Extraktion von Cellulose zur effizienten Nutzung der Stoffstr{\"o}me in der Holzbioraffinerie},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450308},
  pages     = {1400},
  year      = {2014},
  abstract  = {In der Reihe der nachwachsenden Rohstoffe besitzt Holz als erneuerbare und umweltfreundliche Ressource ein großes Potenzial. {\"U}ber 11 Mio. ha Holz, das laut der Fachagentur f{\"u}r nachwachsende Rohstoffe (FNR) auch f{\"u}r industrielle Zwecke genutzt werden kann, wuchsen im Jahr 2013 allein auf bundesdeutscher Fl{\"a}che. 56,8 Mio. m³ j{\"a}hrlicher Holzeinschlag in den letzten zehn Jahren wurde zu knapp der H{\"a}lfte stofflich und der Rest energetisch verwertet. Im Rahmen dieser Arbeit konnte auf der Basis vom Holz der Buche, die nach Fichte und Kiefer die dritth{\"a}ufigste Baumart in Deutschland ist und 15\% der deutschen Waldfl{\"a}che ausmacht, die Fraktionierung der polymeren Hauptbestandteile mit niedrigem energetischen Einsatz erreicht werden. Hierbei werden in einem nachgeschalteten Extraktionsprozess die beiden Komponenten Hemicellulose und Lignin in fl{\"u}ssiger Form von der finalen festen Cellulosefraktion abgetrennt. Die Extraktion der Hemicellulose erfolgt durch eine Liquid Hot Water (LHW)-Behandlung. Untersucht wird der katalytische Zusatz anorganischer S{\"a}uren wie H₃PO₄ und H₂SO₄. Im Hinblick auf die weitere Verwertung von Lignin zu aromatischen Synthesebausteinen kommt die Organosolv-Extraktion mit einem Ethanol/Wasser-Gemisch zum Einsatz. Von Vorteil ist die weitere Verwendung beider Stoffstr{\"o}me ohne F{\"a}llungsschritt und nachteiliger Verd{\"u}nnung der Hemicellulose.},
  language  = {en}
}
@misc{AlKaidyTippkoetterKaiseretal.2014,
  author    = {Al-Kaidy, H. and Tippk{\"o}tter, Nils and Kaiser, P. and Wollny, S. and Ulber, Roland},
  title     = {Aufreinigung von Cytochrom P450BMP mittels magnetischer Partikel und die enzymatische Synthese von 9, 10-Dihydroxystearins{\"a}ure},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450420},
  pages     = {1420},
  year      = {2014},
  abstract  = {Cytochrom P450 sind H{\"a}m-Proteine, die zur Enzymklasse der Oxidoreduktasen (EC 1.14.xy) geh{\"o}ren. Eine wichtige Reaktion ist die Hydroxylierung nichtaktivierter C-H-Bindungen, die in technischen Systemen von großem Interesse ist. Durch die Verwendung von M-IDA-2-Partikeln ist eine direkte Aufreinigung mit gleichzeitiger Immobilisierung und die Applikation der Enzyme aus dem Zelllysat m{\"o}glich. Damit ist das Verfahren mehr als f{\"u}nf Stunden schneller als die konventionelle Chromatographie und mehr als 80 \% der Aufreinigungszeit wird gespart. Mit dem isolierten nativen Enzym konnte die Plattformchemikalie 9,10-Dihydroxystearins{\"a}ure aus {\"O}ls{\"a}ure hergestellt werden. Unter anderem f{\"u}r die Kunststoffindustrie k{\"o}nnen aus diesem Produkt wichtige Monomere wie z. B. Azelains{\"a}ure hergestellt werden. Die Bildung des Produkts erfolgt in einem zweiphasigen Reaktionssystem an der Grenzfl{\"a}che zwischen dem {\"O}l und der w{\"a}ssrigen Phase als Feststoff. Um das immobilisierte Enzym aktiv in die obere Phase zu transportieren, wurde eine neue magnetische Mischvorrichtung entwickelt. Das Reaktionsprodukt wurde mit NMR, GC-MS und HPLC-MS analysiert und mit einem chemisch synthetisierten Standard von 9,10-Dihydroxystearins{\"a}ure verglichen. Derzeit werden Studien des immobilisierten H{\"a}ms des Enzyms durchgef{\"u}hrt.},
  language  = {de}
}
@article{WiesenTippkoetterMuffleretal.2014,
  author    = {Wiesen, Sebastian and Tippk{\"o}tter, Nils and Muffler, Kai and Suck, Kirstin and Sohling, Ulrich and Ruf, Nils and Ulber, Roland},
  title     = {Adsorptive Vorbehandlung von Rohglycerin f{\"u}r die 1,3-Propandiol Fermentation mit Clostridium diolis},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {1-2},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  doi       = {10.1002/cite.201300080},
  pages     = {129 -- 135},
  year      = {2014},
  abstract  = {Bei der Gewinnung von Fetts{\"a}uren aus Pflanzen{\"o}len, z. B. zur Herstellung von Biopolymeren, oder bei der Biodiesel- und Seifenproduktion, f{\"a}llt Glycerin als Nebenprodukt an. Bei der Biokonversion dieses Rohstoffes zu 1,3-Propandiol wird der Produktionsorganismus Clostridium diolis durch Verunreinigungen im Rohglycerin gehemmt. Als inhibierende Substanzen konnten freie Fetts{\"a}uren identifiziert werden. Mithilfe eines adsorptiven Aufarbeitungsverfahrens ist es gelungen, die Fetts{\"a}uren zu entfernen und die Konversionseffizienz zu 1,3-Propandiol zu erh{\"o}hen.},
  language  = {de}
}
@article{AlKaidyDuweHusteretal.2014,
  author    = {Al-Kaidy, Huschyar and Duwe, Anna and Huster, Manuel and Muffler, Kai and Schlegel, Christin and Sieker, Tim and Stadtm{\"u}ller, Ralf and Tippk{\"o}tter, Nils and Ulber, Roland},
  title     = {Biotechnologie und Bioverfahrenstechnik - Vom ersten Ullmanns Artikel bis hin zu aktuellen Forschungsthemen},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {12},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201400083},
  pages     = {2215 -- 2225},
  year      = {2014},
  abstract  = {Biotechnologie und die mit ihr verbundenen technischen Prozesse pr{\"a}gen seit Jahrtausenden die Entwicklung der Menschheit. Ausgehend von empirischen Verfahren, insbesondere zur Herstellung von Lebensmitteln und t{\"a}glichen Gebrauchsg{\"u}tern, haben sich diese Disziplinen zu einem der innovativsten Zukunftsfelder entwickelt. Durch das immer detailliertere Verst{\"a}ndnis zellul{\"a}rer Vorg{\"a}nge k{\"o}nnen mittlerweile Produktionsst{\"a}mme gezielt optimiert werden. Im Zusammenspiel mit moderner Prozesstechnik k{\"o}nnen so eine Vielzahl von Bulk- und Feinchemikalien sowie Pharmazeutika effizient hergestellt werden. In diesem Artikel werden exemplarisch einige der aktuellen Trends vorgestellt.},
  language  = {de}
}
@article{PasteurTippkoetterKampeisetal.2014,
  author    = {Pasteur, Aline and Tippk{\"o}tter, Nils and Kampeis, Percy and Ulber, Roland},
  title     = {Optimization of high gradient magnetic separation filter units for the purification of fermentation products},
  series = {IEEE TRANSACTIONS ON MAGNETICS},
  volume    = {50},
  journal   = {IEEE TRANSACTIONS ON MAGNETICS},
  number    = {10},
  publisher = {IEEE},
  address   = {New York, NY},
  issn      = {0018-9464},
  doi       = {10.1109/TMAG.2014.2325535},
  pages     = {Artikel 5000607},
  year      = {2014},
  abstract  = {High gradient magnetic separation (HGMS) has been established since the early 1970s. A more recent application of these systems is the use in bioprocesses. To integrate the HGMS in a fermentation process, it is necessary to optimize the separation matrix with regard to the magnetic separation characteristics and permeability of the non-magnetizable components of the fermentation broth. As part of the work presented here, a combined fluidic and magnetic force finite element model simulation was created using the software COMSOL Multiphysics and compared with separation experiments. Finally, as optimal lattice orientation of the separation matrix, a transversal rhombohedral arrangement was defined. The high suitability of the new filter matrix has been verified by separation experiments.},
  language  = {en}
}
@misc{TippkoetterWulfhorstMogueetal.2014,
  author    = {Tippk{\"o}tter, Nils and Wulfhorst, H. and Mogue, N. and M{\"o}hring, S. and Roth, J. and Ulber, Roland},
  title     = {Spektrometrische Messung und Modellierung der enzymatischen Hydrolyse von Biomasse nach Organosolv- und Liquid Hot Water-Aufschl{\"u}ssen (LHW)},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450269},
  pages     = {1584},
  year      = {2014},
  abstract  = {In diesem Beitrag wird die NIR- und MIR-Spektrometrie in Kombination mit multivariaten Kalibrationsmodellen zur Analyse von Monosacchariden und Cellulose aus Biomasse etabliert. Spektrengemischter Standardl{\"o}sungen mit definierten Glucose- und Xylosekonzentrationen in Wasser werden im NIR-(Lambda 750, Perkin Elmer, USA) und MIR-Bereich (Spektrum 100, PerkinElmer) in Gegenwart von entweder Carboxymethylcellulose oder Grasfasern aufgenommen. Darauf basierend werden Kalibrationsmodelle (Unscrambler®, CAMO-Software AS, Norwegen) entwickelt und zur Vorhersage der Zuckerkonzentration in den Hydrolyseproben und der Celluloseanteile angewendet. Dar{\"u}ber hinaus wird die Partikelgr{\"o}ße der Rohstoffe bestimmt. Die Messergebnisse bilden die experimentelle Basis f{\"u}r die numerische Modellierung der Reaktionskinetik der enzymatischen Hydrolyse von Lignocellulose. Das Modell kombiniert die Bilanzierung der Partikelgr{\"o}ßenverteilungen mit der Multienzymkinetik. Dabei werden neben der Partikelgr{\"o}ßenverteilung und der Substratkonzentration die Zusammensetzung der Rohstoffe nach Vorbehandlung sowie die Produktinhibierung und mehrere enzymatische Aktivit{\"a}ten ber{\"u}cksichtigt. Das Modell erm{\"o}glicht es, die Partikelgr{\"o}ßenverteilungen und die Konzentrationen der Substrate und Produkte w{\"a}hrend der Hydrolyse vorherzusagen und die kinetischen Parameter im Batch- sowie im Fed-Batch-Reaktor zu bestimmen.},
  language  = {de}
}
@article{LuisierLempiaeinenScherbichleretal.2014,
  author    = {Luisier, Rapha{\"e}lle and Lempi{\"a}inen, Harri and Scherbichler, Nina and Braeuning, Albert and Geissler, Miriam and Dubost, Valerie and M{\"u}ller, Arne and Scheer, Nico and Chibout, Salah-Dine and Hara, Hisanori and Picard, Frank and Theil, Diethilde and Couttet, Philippe and Vitobello, Antonio and Grenet, Olivier and Grasl-Kraupp, Bettina and Ellinger-Ziegelbauer, Heidrung and Thomson, John P. and Meehan, Richard R. and Elcombe, Clifford R. and Henderson, Colin J. and Wolf, C. Roland and Schwarz, Michael and Moulin, Pierre and Terranova, Remi and Moggs, Jonathan G.},
  title     = {Phenobarbital Induces Cell Cycle Transcriptional Responses in Mouse Liver Humanized for Constitutive Androstane and Pregnane X Receptors},
  series = {Toxicological Sciences},
  volume    = {139},
  journal   = {Toxicological Sciences},
  number    = {2},
  publisher = {Oxford University Press},
  address   = {Oxford},
  issn      = {1094-2025},
  doi       = {https://doi.org/10.1093/toxsci/kfu038},
  pages     = {501 -- 511},
  year      = {2014},
  abstract  = {The constitutive androstane receptor (CAR) and the pregnane X receptor (PXR) are closely related nuclear receptors involved in drug metabolism and play important roles in the mechanism of phenobarbital (PB)-induced rodent nongenotoxic hepatocarcinogenesis. Here, we have used a humanized CAR/PXR mouse model to examine potential species differences in receptor-dependent mechanisms underlying liver tissue molecular responses to PB. Early and late transcriptomic responses to sustained PB exposure were investigated in liver tissue from double knock-out CAR and PXR (CARᴷᴼ-PXRᴷᴼ), double humanized CAR and PXR (CARʰ-PXRʰ), and wild-type C57BL/6 mice. Wild-type and CARʰ-PXRʰ mouse livers exhibited temporally and quantitatively similar transcriptional responses during 91 days of PB exposure including the sustained induction of the xenobiotic response gene Cyp2b10, the Wnt signaling inhibitor Wisp1, and noncoding RNA biomarkers from the Dlk1-Dio3 locus. Transient induction of DNA replication (Hells, Mcm6, and Esco2) and mitotic genes (Ccnb2, Cdc20, and Cdk1) and the proliferation-related nuclear antigen Mki67 were observed with peak expression occurring between 1 and 7 days PB exposure. All these transcriptional responses were absent in CARᴷᴼ-PXRᴷᴼ mouse livers and largely reversible in wild-type and CARʰ-PXRʰ mouse livers following 91 days of PB exposure and a subsequent 4-week recovery period. Furthermore, PB-mediated upregulation of the noncoding RNA Meg3, which has recently been associated with cellular pluripotency, exhibited a similar dose response and perivenous hepatocyte-specific localization in both wild-type and CARʰ-PXRʰ mice. Thus, mouse livers coexpressing human CAR and PXR support both the xenobiotic metabolizing and the proliferative transcriptional responses following exposure to PB.},
  language  = {en}
}
@misc{TippkoetterWiesenThieletal.2014,
  author    = {Tippk{\"o}tter, Nils and Wiesen, S. and Thiel, A. and Muffler, K. and Ulber, Roland},
  title     = {Biotechnologische Wertstoffgewinnung entlang der Prozessketten Gr{\"u}ner und Pflanzen{\"o}l-Bioraffinerien},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450283},
  pages     = {1605},
  year      = {2014},
  abstract  = {Der nachwachsende Rohstoff Raps ist in großen Mengen verf{\"u}gbar und eine Quelle f{\"u}r Biomolek{\"u}le mit hohem Wertsch{\"o}pfungspotenzial. Entwicklungen zur biotechnologischen Wertstoffgewinnung werden dabei schwerpunktm{\"a}ßig in den Bereichen Aufarbeitung und Funktionalisierung von Polyphenolen und Fetten betrieben. Bei der Verarbeitung der Pflanzenmaterialien werden dabei insbesondere Verfahren zur adsorptiven Aufreinigung und Auftrennung mittels Materialien mit modifizierten Bleicherden und anderen organischen oder anorganischen Adsorbentien untersucht. Ferner wurden f{\"u}r die Aufreinigung von Polyphenolen adsorptive sowie extraktive Prozesse entwickelt. Bei den Entwicklungen wird ber{\"u}cksichtigt, dass Bioraffinerien auf eine fortw{\"a}hrende Gew{\"a}hrleistung eines hohen Produktions- bzw. Lieferbedarfs nachwachsender Rohstoffe angewiesen sind. Somit werden Optionen dezentraler regionaler Vorbehandlungs- und Wertsch{\"o}pfungsketten in der N{\"a}he landwirtschaftlicher Betriebe einbezogen. Neben neuen Aufreinigungsverfahren werden mikrobielle und enzymatische Prozesse zur wertsteigernden Umsetzung von Glycerin, Polyphenolen und Zuckermonomeren vorgestellt sowie Limitierungen nachwachsender Rohstoffe der 2. Generation diskutiert.},
  language  = {de}
}
@article{ScheerMclaughlinRodeetal.2014,
  author    = {Scheer, Nico and Mclaughlin, Lesley A. and Rode, Anja and MacLeod, Alastair Kenneth and Henderson, Colin J. and Wolf, Roland C.},
  title     = {Deletion of thirty murine cytochrome P450 genes results in viable mice with compromised drug metabolism},
  series = {Drug Metabolism and Disposition},
  volume    = {42},
  journal   = {Drug Metabolism and Disposition},
  number    = {6},
  publisher = {ASPET},
  address   = {Bethesda, Md.},
  issn      = {1521-009X},
  doi       = {10.1124/dmd.114.057885},
  pages     = {1022 -- 1030},
  year      = {2014},
  abstract  = {In humans, 75\% of all drugs are metabolized by the cytochrome P450-dependent monooxygenase system. Enzymes encoded by the CYP2C, CYP2D, and CYP3A gene clusters account for ∼80\% of this activity. There are profound species differences in the multiplicity of cytochrome P450 enzymes, and the use of mouse models to predict pathways of drug metabolism is further complicated by overlapping substrate specificity between enzymes from different gene families. To establish the role of the hepatic and extrahepatic P450 system in drug and foreign chemical disposition, drug efficacy, and toxicity, we created a unique mouse model in which 30 cytochrome P450 genes from the Cyp2c, Cyp2d, and Cyp3a gene clusters have been deleted. Remarkably, despite a wide range of putative important endogenous functions, Cyp2c/2d/3a KO mice were viable and fertile, demonstrating that these genes have evolved primarily as detoxification enzymes. Although there was no overt phenotype, detailed examination showed Cyp2c/2d/3a KO mice had a smaller body size (15\%) and larger livers (20\%). Changes in hepatic morphology and a decreased blood glucose (30\%) were also noted. A five-drug cocktail of cytochrome P450 isozyme probe substrates were used to evaluate changes in drug pharmacokinetics; marked changes were observed in either the pharmacokinetics or metabolites formed from Cyp2c, Cyp2d, and Cyp3a substrates, whereas the metabolism of the Cyp1a substrate caffeine was unchanged. Thus, Cyp2c/2d/3a KO mice provide a powerful model to study the in vivo role of the P450 system in drug metabolism and efficacy, as well as in chemical toxicity.},
  language  = {en}
}
@misc{TippkoetterWasserscheid2014,
  author    = {Tippk{\"o}tter, Nils and Wasserscheid, P.},
  title     = {Rapid-Prototyping-Strukturen f{\"u}r ressourceneffiziente Prozesse in Chemie und Biotechnologie},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450451},
  pages     = {1369 -- 1370},
  year      = {2014},
  abstract  = {Die Teilefertigung durch Rapid Prototyping (RP) verk{\"u}rzt den Weg von der Idee bis zum Produkt, wobei unter anderem Optimierungszyklen in geringer Zeit durchlaufen werden k{\"o}nnen. Ferner er{\"o}ffnen neue Entwicklungen in diesem Bereich die M{\"o}glichkeit individueller Produktionsverfahren. Im Unterschied zur klassischen Fertigung von Prototypen wird beim RP mit additiver Schichtfertigung (Additive Layer Manufacturing, ALM) gearbeitet. Je nach Methode werden Fl{\"u}ssigkeiten oder Pulver nach Vorgaben eines 3D-Computermodells sequentiell aufgetragen. Diese Verfahren existieren seit ca. 25 Jahren, jedoch sind seit kurzem ausgesprochen g{\"u}nstige Ger{\"a}te verf{\"u}gbar, die Objekte mit Genauigkeiten bis 20 lm fertigen k{\"o}nnen. Das RP hat in klinischen Anwendungsgebieten bzw. im Bereich des Tissue Engineering bereits vielfach Einzug gefunden. Aber auch chemisch-biotechnologische Entwicklungen k{\"o}nnen von den Verfahren profitieren. So wurden Mikrofluidiksysteme und Bioreaktoren bereits erfolgreich durch RP gefertigt. Durch ALM ist ebenso die Herstellung von Reaktionseinheiten aus biokompatiblen Materialien wie ionotropen Gelen m{\"o}glich. Ferner sind sehr komplexe Strukturierungen von Oberfl{\"a}chen im Nanometerbereich realisierbar, die f{\"u}r die Auftragung heterogener Katalysatoren oder auch Mikroorganismen eingesetzt werden k{\"o}nnen. Auch der Bereich Reaktoren- und Apparatebau kann von den Fortschritten in der additiven Fertigung profitieren. Verfahren wie selektives Laser- oder Elektronenstrahlschmelzen erlauben es, metallische Komponenten in nahezu beliebigen Geometrien zu fertigen. Somit k{\"o}nnen Strukturen verwirklicht werden, die mit konventionellen Fertigungstechniken nur sehr schwer oder {\"u}berhauptnicht herstellbar w{\"a}ren. Durch Anwendung von rechnergest{\"u}tzter Modellierung k{\"o}nnen optimale Strukturen identifiziert und additiv gefertigt werden. Eine anschließende katalytische Funktionalisierung der Oberfl{\"a}che erm{\"o}glicht die Herstellung strukturierter Reaktoren mit maßgeschneiderten Eigenschaften.},
  language  = {de}
}
@misc{HeringPasteurWollnyetal.2014,
  author    = {Hering, T. and Pasteur, A. and Wollny, S. and Ulber, Roland and Tippk{\"o}tter, Nils},
  title     = {Magnetische Separation von Gold-Nanopartikeln zur Glucons{\"a}ure-Produktion durch Hochgradient-Magnetseparation im Labormaßstab},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450265},
  pages     = {1501},
  year      = {2014},
  abstract  = {Bei der Verarbeitung nachwachsender Rohstoffe entsteht aus Cellulose oder St{\"a}rke u. a. das wichtige Produkt Glucose. Diese niedermolekulare Kohlenhydratquelle wird {\"u}blicherweise als Substrat f{\"u}r biotechnologische und chemische Synthesen verwendet. Ein wirtschaftlich interessantes Oxidationsprodukt der Glucose ist Glucons{\"a}ure, die beispielsweise als Lebensmittelzusatzstoff (E 574), in der Medizin und Metallindustrie Verwendung findet. Die Umsetzung des Monosaccharids zu Glucons{\"a}ure erfolgt entweder durch mikrobielle Fermentation oder der Oxidation an heterogenen Katalysatoren. Die Zielsetzung der Studie ist die Untersuchung der Glucoseoxidation an magnetisierbaren Gold-Nanopartikeln unter nachfolgender Bypass-Separation des Katalysators mittels einer neuen Mini-HGMS-Einheit (Hochgradient-Magnetseparation). Dieser Filtertyp erm{\"o}glicht die selektive Trennung magnetischer Partikel aus Suspensionen mit hohem Feststoffgehalt oder Viskosit{\"a}t. Erste Ergebnisse zeigen eine Beladungskapazit{\"a}t des selbstkonstruierten Mini-HGMS von 550 mg goldbeschichteter magnetisierbarer Nanopartikel. Die Oxidation erfolgt bei einem pH-Wertvon 9, bei 40 °C und mit 100 mM Glucose in einem begasten R{\"u}hrkesselreaktor. Das System soll zuk{\"u}nftig zum Katalysatorrecycling von hochviskosen und Feststoffbelasteten Produktstr{\"o}men aus Bioraffinerien eingesetzt werden.},
  language  = {de}
}
@misc{DuweSiekerTippkoetteretal.2014,
  author    = {Duwe, A. and Sieker, T. and Tippk{\"o}tter, Nils and Ulber, Roland},
  title     = {Grasssilage als Substrat zur fermentativen Produktion organischer S{\"a}uren},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450345},
  pages     = {1400},
  year      = {2014},
  abstract  = {Der zunehmende Bedarf an fossilen Rohstoffen bei gleichzeitig abnehmender Versorgungssicherheit f{\"u}hrt zu einer intensiven Suche nach erneuerbaren Ressourcen. Ein vielversprechendes Ausgangsmaterial mit einer weltweiten Verf{\"u}gbarkeit stellt Gras dar. In 2012 wurden in Deutschland 33 Millionen Tonnen (Heugewicht) Gras auf 4,82 Millionen Hektar Ackerland produziert, davon wurden 60,5 \% siliert. Durch die Silierung kann Gras als Substrat zeitlich uneingeschr{\"a}nkt verf{\"u}gbar sein, ohne dem Risiko des schnellen Verderbs ausgesetzt zu sein. Eine Schl{\"u}sselrolle im Rahmen des Silierprozesses nimmt die Produktion von Milchs{\"a}ure ein. Milchs{\"a}ure ist einbedeutendes biotechnologisches Produkt f{\"u}r die Lebensmittel- und die chemische Industrie. Im Rahmen dieser Arbeit wird die vollst{\"a}ndige Umwandlung der fermentierbaren Zucker in der Silage zu Milchs{\"a}ure angestrebt, um die maximale Ausbeute der organischen S{\"a}ure zu erreichen. Im ersten Verfahrensschritt wird die Silage gepresst und der erhaltene Presskuchen einer Liquid-Hot-Water-Behandlung unterzogen. Durch diese einfache Vorbehandlung k{\"o}nnen hohe Glucoseausbeuten im nachfolgenden SSF-Schritt bei gleichzeitig geringem Enzymeinsatz und Chemikalienverbrauch realisiert werden. Zur Aufreinigung der Milchs{\"a}ure wurden extraktive und chromatographische Methoden untersucht.},
  language  = {de}
}
@misc{StadtmuellerTippkoetterUlber2014,
  author    = {Stadtm{\"u}ller, R. and Tippk{\"o}tter, Nils and Ulber, Roland},
  title     = {Produktion von einzelstr{\"a}ngigen DNA-Makronukleotiden},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {86},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {9},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0009-286X},
  doi       = {10.1002/cite.201450372},
  pages     = {1403},
  year      = {2014},
  abstract  = {In der Biotechnologie stellt Einzelstrang-DNA (ssDNA) eine Schl{\"u}sselrolle dar und fungiert z. B. als Baustein f{\"u}r die nanoskalige Feinmechanik oder als Affinit{\"a}tsligand, ein sog. Aptamer. Hinsichtlich der industriellen Verwendung bieten Aptamere im Vergleich zu Antik{\"o}rpern viele Vorteile, wie z. B. eine gute Renaturierung bzw. die Selektion f{\"u}r cytotoxische Molek{\"u}le. Aktuell w{\"a}chst die Nachfrage f{\"u}r chim{\"a}re Aptamere von bis zu 200 n, um die simultane Bindung bzw. die Modifikation mehrerer Molek{\"u}le zu realisieren. Bis heute wird ssDNA mittels einer sequentiellen Synthese hergestellt, die eine Effizienz von ca. 99,5 \% je Zyklus und bereits bei einer Produktl{\"a}nge von 100 n nur noc hAusbeuten von max. 60 \% zeigt. Um dem Bedarf an ssDNA im Bereich > 100 n zu entsprechen, wurden zwei enzymatische Verfahren zur Produktion dieser Makronukleotide entworfen. Die erste Technik basiert auf einerFestphasen-PCR und erm{\"o}glicht sowohlein Primer- als auch ein Templatrecycling. Das zweite Verfahren beruht auf einer Plasmidbasierten In-vivo-Amplifikation, der sog. AptaGENE®-Technologie. In einer einzigen Klonierung werden bis zu 100 Kopien des Monomers in einen Vektor kloniert. Nach einer Transformation folgt der regul{\"a}re Produktionsprozess in Form einer Kultivierung, Plasmidpr{\"a}paration und sequenziellen Aufarbeitung von bis zu 6 · 10¹⁵ Makronukleotiden pro Milliliter Fermentationsvolumen.},
  language  = {de}
}
@article{SchiffelsPinkenburgScheldenetal.2013,
  author    = {Schiffels, Johannes and Pinkenburg, Olaf and Schelden, Maximilian and Aboulnaga, El-Hussiny A. A. and Baumann, Marcus and Selmer, Thorsten},
  title     = {An innovative cloning platform enables large-scale production and maturation of an oxygen-tolerant [NiFe]-hydrogenase from cupriavidus necator in Escherichia coli},
  series = {PLOS one. 2013},
  journal   = {PLOS one. 2013},
  publisher = {Public Library of Science},
  address   = {San Francisco, California},
  issn      = {1932-6203},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0068812},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@inproceedings{TakenagaHerreraWerneretal.2013,
  author    = {Takenaga, Shoko and Herrera, Cony F. and Werner, Frederik and Biselli, Manfred and Schnitzler, Thomas and Sch{\"o}ning, Michael Josef and {\"O}hlschl{\"a}ger, Peter and Wagner, Torsten},
  title     = {Detection of the metabolic activity of cells by differential measurements based on a single light-addressable potentiometric sensor chip},
  series = {11. Dresdner Sensor-Symposium : 9.-11.12.2013},
  booktitle = {11. Dresdner Sensor-Symposium : 9.-11.12.2013},
  organization    = {Dresdner Sensor-Symposium <11, 2013>},
  isbn      = {978-3-9813484-5-3},
  pages     = {63 -- 67},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{DuttaHartkopfFroederWitteetal.2013,
  author    = {Dutta, Suryendu and Hartkopf-Fr{\"o}der, Christoph and Witte, Karin and Brocke, Rainer and Mann, Ulrich},
  title     = {Molecular characterization of fossil palynomorphs by transmission micro-FTIR spectroscopy: implications for hydrocarbon source evaluation},
  series = {International journal of coal geology},
  volume    = {Vol. 115},
  journal   = {International journal of coal geology},
  publisher = {Elsevier},
  address   = {Amsterdam},
  issn      = {1872-7840 (E-Journal); 0166-5162 (Print)},
  pages     = {13 -- 23},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{MartinezJakobTuetal.2013,
  author    = {Martinez, Ronny and Jakob, Felix and Tu, Ran and Siegert, Petra and Maurer, Karl-Heinz and Schwaneberg, Ulrich},
  title     = {Increasing activity and thermal resistance of Bacillus gibsonii alkaline protease (BgAP) by directed evolution},
  series = {Biotechnology and bioengineering},
  volume    = {Vol. 110},
  journal   = {Biotechnology and bioengineering},
  number    = {Iss. 3},
  publisher = {Wiley},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {1097-0290 (E-Journal); 0006-3592 (Print); 0368-1467 (Print)},
  pages     = {711 -- 720},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{JakobMartinezMandaweetal.2013,
  author    = {Jakob, Felix and Martinez, Ronny and Mandawe, John and Hellmuth, Hendrik and Siegert, Petra and Maurer, Karl-Heinz and Schwaneberg, Ulrich},
  title     = {Surface charge engineering of a Bacillus gibsonii subtilisin protease},
  series = {Applied microbiology and biotechnology},
  volume    = {Vol. 97},
  journal   = {Applied microbiology and biotechnology},
  number    = {Iss. 15},
  publisher = {Springer},
  address   = {Berlin},
  issn      = {1432-0614 (E-Journal); 0171-1741 (Print); 0175-7598 (Print); 0340-2118 (Print)},
  pages     = {6793 -- 6802},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{ScheerSnaithWolfetal.2013,
  author    = {Scheer, Nico and Snaith, Mike and Wolf, C. Roland and Seibler, Jost},
  title     = {Generation and utility of genetically humanized mouse models},
  series = {Drug Discovery Today},
  volume    = {Vol 18},
  journal   = {Drug Discovery Today},
  number    = {23-24},
  publisher = {Elsevier},
  address   = {Amsterdam},
  issn      = {1359-6446},
  doi       = {10.1016/j.drudis.2013.07.007},
  pages     = {1200 -- 1211},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{BouwmanGuldenHeijdenetal.2013,
  author    = {Bouwman, Peter and Gulden, Hanneke van der and Heijden, Ingrid van der and Drost, Rinske and Klijn, Christiaan N. and Prasetyanti, Pramudita and Pieterse, Mark and Wientjens, Ellen and Seibler, Jost and Hogervorst, Frank B. L. and Jonkers, Jos},
  title     = {A High-Throughput Functional Complementation Assay for Classification of BRCA1 Missense Variants},
  series = {Cancer Discovery},
  journal   = {Cancer Discovery},
  number    = {3},
  issn      = {2159-8290},
  doi       = {10.1158/2159-8290.CD-13-0094},
  pages     = {1142 -- 1152},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{MichalakNacerddinePietersenetal.2013,
  author    = {Michalak, Ewa Malgorzata and Nacerddine, Karim and Pietersen, Alexandra and Beuger, Vincent and Pawlitzky, Inka and Cornelissen-Steijger, Paulien and Wientjens, Ellen and Tanger, Ellen and Seibler, Jost and Lohuizen, Maarten van and Jonkers, Jos},
  title     = {Polycomb group gene Ezh2 regulates mammary gland morphogenesis and maintains the luminal progenitor pool},
  series = {Stem Cells},
  volume    = {Vol 31},
  journal   = {Stem Cells},
  number    = {9},
  publisher = {Oxford University Press},
  address   = {Oxford},
  issn      = {1549-4918},
  doi       = {10.1002/stem.1437},
  pages     = {1910 -- 1920},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{GebeshuberKornauthDongetal.2013,
  author    = {Gebeshuber, Christoph A. and Kornauth, Christoph and Dong, Lihua and Sierig, Ralph and Seibler, Jost and Reiss, Martina and Tauber, Stefanie and Bilban, Martin and Wang, Shijun and Kain, Renate and B{\"o}hmig, Georg A. and Moeller, Marcus J. and Gr{\"o}ne, Hermann-Josef and Englert, Christoph and Martinez, Javier and Kerjaschki, Dontscho},
  title     = {Focal segmental glomerulosclerosis is induced by microRNA-193a and its downregulation of WT1},
  series = {Nature Medicine},
  volume    = {19},
  journal   = {Nature Medicine},
  number    = {4},
  issn      = {1078-8956},
  doi       = {10.1038/nm.3142},
  pages     = {481 -- 487},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{KornfeldBaitzelKoenneretal.2013,
  author    = {Kornfeld, Jan-Wilhelm and Baitzel, Catherina and K{\"o}nner, A. Christine and Nicholls, Hayley T. and Vogt, Merly C. and Herrmanns, Karolin and Scheja, Ludger and Haumaitre, C{\´e}cile and Wolf, Anna M. and Knippschild, Uwe and Seibler, Jost and Cereghini, Silvia and Heeren, Joerg and Stoffel, Markus and Br{\"u}ning, Jens C.},
  title     = {Obesity-induced overexpression of miR-802 impairs glucose metabolism through silencing of Hnf1b},
  series = {Nature},
  volume    = {494},
  journal   = {Nature},
  number    = {7435},
  publisher = {Springer Nature},
  address   = {Cham},
  isbn      = {0028-0836},
  doi       = {10.1038/nature11793},
  pages     = {111 -- 115},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{RachingerBauchStrittmatteretal.2013,
  author    = {Rachinger, Michael and Bauch, Melanie and Strittmatter, Axel and Bongaerts, Johannes and Evers, Stefan and Maurer, Karl-Heinz and Daniel, Rolf and Liebl, Wolfgang and Liesegang, Heiko and Ehrenreich, Armin},
  title     = {Size unlimited markerless deletions by a transconjugative plasmid-system in Bacillus licheniformis},
  series = {Journal of biotechnology},
  volume    = {Vol. 164},
  journal   = {Journal of biotechnology},
  number    = {Iss. 4},
  publisher = {Elsevier},
  address   = {Amsterdam},
  issn      = {1873-4863 (E-Journal); 0168-1656 (Print)},
  pages     = {365 -- 369},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@misc{StadtmuellerTippkoetterUlber2013,
  author    = {Stadtm{\"u}ller, Ralf and Tippk{\"o}tter, Nils and Ulber, Roland},
  title     = {A method for production of single-stranded nucleic acids [Europ{\"a}ische Patentanmeldung]},
  publisher = {Europ{\"a}isches Patentamt},
  address   = {Den Hague},
  pages     = {14 Seiten},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{ScheerWolf2013,
  author    = {Scheer, Nico and Wolf, C. Roland},
  title     = {Xenobiotic receptor humanized mice and their utility},
  series = {Drug Metabolism Reviews},
  journal   = {Drug Metabolism Reviews},
  number    = {1},
  publisher = {Taylor \& Francis},
  address   = {London},
  issn      = {1097-9883},
  doi       = {10.3109/03602532.2012.738687},
  pages     = {110 -- 121},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{PellegriniHowellShepherdetal.2013,
  author    = {Pellegrini, Paul A. and Howell, Nicholas R. and Shepherd, Rachael K. and Lengkeek, Nigel A. and Paulßen, Elisabeth and Katsifis, Andrew G. and Greguric, Ivan},
  title     = {Synthesis and Radiolabelling of DOTA-Linked Glutamine Analogues with 67,68Ga as Markers for Increased Glutamine Metabolism in Tumour Cells},
  series = {Molecules},
  volume    = {18},
  journal   = {Molecules},
  number    = {6},
  publisher = {MDPI},
  address   = {Basel},
  issn      = {1420-3049},
  doi       = {10.3390/molecules18067160},
  pages     = {7160 -- 7178},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{PaulssenLeLengkeeketal.2013,
  author    = {Paulßen, Elisabeth and Le, Van So and Lengkeek, Nigel and Pellegrini, Paul and Jackson, Tim and Greguric, Ivan and Weiner, Ron},
  title     = {Influence of Metal Ions on the 68Ga-labeling of DOTATATE},
  series = {Applied Radiation and Isotopes},
  volume    = {82},
  journal   = {Applied Radiation and Isotopes},
  publisher = {Elsevier},
  address   = {Amsterdam},
  issn      = {1872-9800},
  doi       = {10.1016/j.apradiso.2013.08.010},
  pages     = {232 -- 238},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{WilmingBegemannKuhneetal.2013,
  author    = {Wilming, Anja and Begemann, Jens and Kuhne, Stefan and Regestein, Lars and Bongaerts, Johannes and Evers, Stefan and Maurer, Karl-Heinz and B{\"u}chs, Jochen},
  title     = {Metabolic studies of γ-polyglutamic acid production in Bacillus licheniformis by small-scale continuous cultivations},
  series = {Biochemical engineering journal},
  volume    = {Vol. 73},
  journal   = {Biochemical engineering journal},
  publisher = {Elsevier},
  address   = {Amsterdam},
  issn      = {1873-295X (E-Journal); 1369-703X (Print)},
  pages     = {29 -- 37},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{ScheeleOertelBongaertsetal.2013,
  author    = {Scheele, Sandra and Oertel, Dan and Bongaerts, Johannes and Evers, Stefan and Hellmuth, Hendrik and Maurer, Karl-Heinz and Bott, Michael and Freudl, Roland},
  title     = {Secretory production of an FAD cofactor-containing cytosolic enzyme (sorbitol-xylitol oxidase from Streptomyces coelicolor) using the twin-arginine translocation (Tat) pathway of Corynebacterium glutamicum},
  series = {Microbial biotechnology},
  journal   = {Microbial biotechnology},
  publisher = {Wiley-Blackwell},
  address   = {Oxford},
  issn      = {1751-7915},
  pages     = {202 -- 206},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{VoigtSchroeterJuergenetal.2013,
  author    = {Voigt, Birgit and Schroeter, Rebecca and J{\"u}rgen, Britta and Albrecht, Dirk and Evers, Stefan and Bongaerts, Johannes and Maurer, Karl-Heinz and Schweder, Thomas and Hecker, Michael},
  title     = {The response of Bacillus licheniformis to heat and ethanol stress and the role of the SigB regulon},
  series = {Proteomics},
  volume    = {Vol. 13},
  journal   = {Proteomics},
  number    = {Iss. 14},
  publisher = {Wiley},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {1615-9861 (E-Journal); 1615-9853 (Print)},
  pages     = {2140 -- 2146},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{WiegandDietrichHerteletal.2013,
  author    = {Wiegand, Sandra and Dietrich, Sascha and Hertel, Robert and Bongaerts, Johannes and Evers, Stefan and Volland, Sonja and Daniel, Rolf and Liesegang, Heiko},
  title     = {RNA-Seq of Bacillus licheniformis: active regulatory RNA features expressed within a productive fermentation},
  series = {BMC genomics},
  volume    = {Vol. 14},
  journal   = {BMC genomics},
  publisher = {BioMed Central},
  address   = {London},
  issn      = {1471-2164},
  pages     = {667},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{TippkoetterAlKaidyWollnyetal.2013,
  author    = {Tippk{\"o}tter, Nils and Al-Kaidy, Huschyar and Wollny, Steffen and Ulber, Roland},
  title     = {Functionalized magnetizable particles for downstream processing in single-use systems},
  series = {Chemie Ingenieur Technik},
  volume    = {85},
  journal   = {Chemie Ingenieur Technik},
  number    = {1-2: Special Issue: Single-Use Technology},
  publisher = {Wiley},
  address   = {Weinheim},
  doi       = {10.1002/cite.201200130},
  pages     = {76 -- 86},
  year      = {2013},
  abstract  = {Biotechnological downstream processing is usually an elaborate procedure, requiring a multitude of unit operations to isolate the target component. Besides the disadvantageous space-time yield, the risks of cross-contaminations and product loss grow fast with the complexity of the isolation procedure. A significant reduction of unit operations can be achieved by application of magnetic particles, especially if these are functionalized with affinity ligands. As magnetic susceptible materials are highly uncommon in biotechnological processes, target binding and selective separation of such particles from fermentation or reactions broths can be done in a single step. Since the magnetizable particles can be produced from iron salts and low priced polymers, a single-use implementation of these systems is highly conceivable. In this article, the principles of magnetizable particles, their synthesis and functionalization are explained. Furthermore, applications in the area of reaction engineering, microfluidics and downstream processing are discussed focusing on established single-use technologies and development potential.},
  language  = {en}
}
@article{HuckSchiffelsHerreraetal.2013,
  author    = {Huck, Christina and Schiffels, Johannes and Herrera, Cony N. and Schelden, Maximilian and Selmer, Thorsten and Poghossian, Arshak and Baumann, Marcus and Wagner, Patrick and Sch{\"o}ning, Michael Josef},
  title     = {Metabolic responses of Escherichia coli upon glucose pulses captured by a capacitive field-effect sensor},
  series = {Physica Status Solidi (A)},
  volume    = {210},
  journal   = {Physica Status Solidi (A)},
  number    = {5},
  publisher = {Wiley-VCH},
  address   = {Weinheim},
  issn      = {0031-8965},
  doi       = {10.1002/pssa.201200900},
  pages     = {926 -- 931},
  year      = {2013},
  abstract  = {Living cells are complex biological systems transforming metabolites taken up from the surrounding medium. Monitoring the responses of such cells to certain substrate concentrations is a challenging task and offers possibilities to gain insight into the vitality of a community influenced by the growth environment. Cell-based sensors represent a promising platform for monitoring the metabolic activity and thus, the "welfare" of relevant organisms. In the present study, metabolic responses of the model bacterium Escherichia coli in suspension, layered onto a capacitive field-effect structure, were examined to pulses of glucose in the concentration range between 0.05 and 2 mM. It was found that acidification of the surrounding medium takes place immediately after glucose addition and follows Michaelis-Menten kinetic behavior as a function of the glucose concentration. In future, the presented setup can, therefore, be used to study substrate specificities on the enzymatic level and may as well be used to perform investigations of more complex metabolic responses. Conclusions and perspectives highlighting this system are discussed.},
  language  = {en}
}
@article{ThielTippkoetterSucketal.2013,
  author    = {Thiel, Alexander and Tippk{\"o}tter, Nils and Suck, Kirstin and Sohling, Ulrich and Ruf, Friedrich and Ulber, Roland},
  title     = {New zeolite adsorbents for downstream processing of polyphenols from renewable resources},
  series = {Engineering in Life Sciences},
  volume    = {13},
  journal   = {Engineering in Life Sciences},
  number    = {3},
  publisher = {Wiley},
  address   = {Weinheim},
  doi       = {10.1002/elsc.201200188},
  pages     = {239 -- 246},
  year      = {2013},
  abstract  = {Commercial materials with polyvinylpolypyrrolidone and polymeric amberlites (XAD7HP, XAD16) are commonly used for the adsorptive downstream processing of polyphenols from renewable resources. In this study, beta-zeolite-based adsorbent systems were examined, and their properties were compared to organic resins. Batch adsorption experiments were conducted with synthetic solutions of major polyphenols. Adsorption isotherms and desorption characteristics of individual adsorbent were determined based on these results. Maximum adsorption capacities were calculated using the Langmuir model. For example, the zeolites had capacities up to 203.2 mg/g for ferulic acid. To extend these results to a complex system, additional experiments were performed on rapeseed meal and wheat seed extracts as representative renewable resources. HPLC analysis showed that with 7.5\% w/v, which is regarded as the optimum amount of zeolites, zeolites A and B could bind 100\% of the major polyphenols as well as release polyphenols at high yields. Additionally, regeneration experiments were performed with isopropyl alcohol at 99°C to evaluate how zeolites regenerate under mild conditions. The results showed only a negligible loss of adsorption capacity and no loss of desorption capacity. In summary, it was concluded that beta-zeolites were promising adsorbents for developing new processes to isolate polyphenols from renewable resources.},
  language  = {en}
}
@inproceedings{TippkoetterMoehringMaureretal.2013,
  author    = {Tippk{\"o}tter, Nils and M{\"o}hring, S. and Maurer, S. and Roth, J.},
  title     = {Dezentrale Vorbehandlung und Verarbeitung pflanzlicher Reststoffe f{\"u}r Bioraffinerien},
  series = {Kurzfassungen der Vortr{\"a}ge nach Sessions : Fr{\"u}hjahrstagung der Biotechnologen 2013, 4. - 5. M{\"a}rz 2013, Dechema-Haus, Frankfurt am Main},
  booktitle = {Kurzfassungen der Vortr{\"a}ge nach Sessions : Fr{\"u}hjahrstagung der Biotechnologen 2013, 4. - 5. M{\"a}rz 2013, Dechema-Haus, Frankfurt am Main},
  address   = {Frankfurt am Main},
  pages     = {5},
  year      = {2013},
  language  = {de}
}
@inproceedings{Tippkoetter2013,
  author    = {Tippk{\"o}tter, Nils},
  title     = {Biotechnologische Gewinnung von Wertstoffen aus Molke : BiobasedWorld - Innovation in food},
  series = {Biotechnica 2013 : European biotechnology science \& industry news},
  volume    = {12},
  booktitle = {Biotechnica 2013 : European biotechnology science \& industry news},
  number    = {9, special},
  pages     = {33 -- 50},
  year      = {2013},
  language  = {de}
}
@article{AbulnagaPinkenburgSchiffelsetal.2013,
  author    = {Abulnaga, El-Hussiny and Pinkenburg, Olaf and Schiffels, Johannes and E-Refai, Ahmed and Buckel, Wolfgang and Selmer, Thorsten},
  title     = {Effect of an Oxygen-Tolerant Bifurcating Butyryl Coenzyme A Dehydrogenase/Electron-Transferring Flavoprotein Complex from Clostridium difficile on Butyrate Production in Escherichia coli},
  series = {Journal of bacteriology},
  volume    = {195},
  journal   = {Journal of bacteriology},
  number    = {16},
  issn      = {1098-5530 [E-Journal]},
  pages     = {3704 -- 3713},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@article{BaeckerRakowskiPoghossianetal.2013,
  author    = {B{\"a}cker, Matthias and Rakowski, D. and Poghossian, Arshak and Biselli, Manfred and Wagner, Patrick and Sch{\"o}ning, Michael Josef},
  title     = {Chip-based amperometric enzyme sensor system for monitoring of bioprocesses by flow-injection analysis},
  series = {Journal of Biotechnology},
  volume    = {163},
  journal   = {Journal of Biotechnology},
  number    = {4},
  publisher = {Elsevier},
  address   = {Amsterdam},
  issn      = {0168-1656},
  doi       = {10.1016/j.jbiotec.2012.03.014},
  pages     = {371 -- 376},
  year      = {2013},
  abstract  = {A microfluidic chip integrating amperometric enzyme sensors for the detection of glucose, glutamate and glutamine in cell-culture fermentation processes has been developed. The enzymes glucose oxidase, glutamate oxidase and glutaminase were immobilized by means of cross-linking with glutaraldehyde on platinum thin-film electrodes integrated within a microfluidic channel. The biosensor chip was coupled to a flow-injection analysis system for electrochemical characterization of the sensors. The sensors have been characterized in terms of sensitivity, linear working range and detection limit. The sensitivity evaluated from the respective peak areas was 1.47, 3.68 and 0.28 μAs/mM for the glucose, glutamate and glutamine sensor, respectively. The calibration curves were linear up to a concentration of 20 mM glucose and glutamine and up to 10 mM for glutamate. The lower detection limit amounted to be 0.05 mM for the glucose and glutamate sensor, respectively, and 0.1 mM for the glutamine sensor. Experiments in cell-culture medium have demonstrated a good correlation between the glutamate, glutamine and glucose concentrations measured with the chip-based biosensors in a differential-mode and the commercially available instrumentation. The obtained results demonstrate the feasibility of the realized microfluidic biosensor chip for monitoring of bioprocesses.},
  language  = {en}
}
@article{WiegandVoigtAlbrechtetal.2013,
  author    = {Wiegand, Sandra and Voigt, Birgit and Albrecht, Dirk and Bongaerts, Johannes and Evers, Stefan and Hecker, Michael and Daniel, Rolf and Liesegang, Heiko},
  title     = {Fermentation stage-dependent adaptations of Bacillus licheniformis during enzyme production},
  series = {Microbial Cell Factories},
  volume    = {12},
  journal   = {Microbial Cell Factories},
  publisher = {Biomed Central},
  address   = {London},
  issn      = {1475-2859},
  doi       = {10.1186/1475-2859-12-120},
  pages     = {120},
  year      = {2013},
  language  = {en}
}
@misc{AlKaidyTippkoetterUlber2013,
  author    = {Al-Kaidy, Huschyar and Tippk{\"o}tter, Nils and Ulber, Roland},
  title     = {A system and a method for the implementation of chemical, biological or physical reactions [Europ{\"a}ische Patentanmeldung]},
  publisher = {Europ{\"a}isches Patentamt},
  address   = {Den Hague},
  pages     = {16 Seiten},
  year      = {2013},
  abstract  = {The invention relates to a system for the implementation of chemical, biological or physical reactions, consisting of - one or more magnetic micro-reactors, each comprising a shell made of hydrophobic magnetic nanoparticles encapsulating an aqueous core, - a plane platform comprising a surface to receive the micro-reactors, - a source that generates a magnetic field above or underneath the platform for manipulating the one or more hydrophobic magnetic micro-reactors, or for moving them along the surface of the platform from one position to another position, characterized in that the aqueous core of the one or more magnetic micro-reactors contains a reaction solution or buffer, and wherein the magnetic field generated by the source correlates to a defined position on the surface of the platform.},
  language  = {en}
}
@article{AboulnagaPinkenburgSchiffelsetal.2013,
  author    = {Aboulnaga, El-Hussiny and Pinkenburg, Olaf and Schiffels, Johannes and El-Refai, Ahmed and Buckel, Wolfgang and Selmer, Thorsten},
  title     = {Butyrate production in Escherichia coli: Exploitation of an oxygen tolerant bifurcating butyryl-CoA dehydrogenase/electron transferring flavoprotein complex from Clostridium difficile},
  series = {Journal of bacteriology. June 14, 2013},
  journal   = {Journal of bacteriology. June 14, 2013},
  issn      = {1098-5530 (E-Journal) ; 0021-9193 (Print)},
  pages     = {Epub ahead of print},
  year      = {2013},
  language  = {de}
}
@article{LeursMezoOehlschlaegeretal.2012,
  author    = {Leurs, Ulrike and Mezo, Gabor and {\"O}hlschl{\"a}ger, Peter and Orban, Erika and Marquard, Andrea and Manea, Marilena},
  title     = {Design, synthesis, in vitro stability and cytostatic effect of multifunctional anticancer drug-bioconjugates containing GnRH-III as a targeting moiety},
  series = {Peptide Science},
  volume    = {98},
  journal   = {Peptide Science},
  number    = {1},
  publisher = {Wiley},
  address   = {New York, NY},
  issn      = {1097-0282},
  doi       = {10.1002/bip.21640},
  pages     = {1 -- 10},
  year      = {2012},
  abstract  = {Bioconjugates containing the GnRH-III hormone decapeptide as a targeting moiety are able to deliver chemotherapeutic agents specifically to cancer cells expressing GnRH receptors, thereby increasing their local efficacy while limiting the peripheral toxicity. However, the number of GnRH receptors on cancer cells is limited and they desensitize under continuous hormone treatment. A possible approach to increase the receptor mediated tumor targeting and consequently the cytostatic effect of the bioconjugates would be the attachment of more than one chemotherapeutic agent to one GnRH-III molecule. Here we report on the design, synthesis and biochemical characterization of multifunctional bioconjugates containing GnRH-III as a targeting moiety and daunorubicin as a chemotherapeutic agent. Two different drug design approaches were pursued. The first one was based on the bifunctional [4Lys]-GnRH-III (Glp-His-Trp-Lys-His-Asp-Trp-Lys-Pro-Gly-NH2) containing two lysine residues in positions 4 and 8, whose ϵ-amino groups were used for the coupling of daunorubicin. In the second drug design, the native GnRH-III (Glp-His-Trp-Ser-His-Asp-Trp-Lys-Pro-Gly-NH2) was used as a scaffold; an additional lysine residue was coupled to the ϵ-amino group of 8Lys in order to generate two free amino groups available for conjugation of daunorubicin. The in vitro stability/degradation of all synthesized compounds was investigated in human serum, as well as in the presence of rat liver lysosomal homogenate. Their cellular uptake was determined on human breast cancer cells and the cytostatic effect was evaluated on human breast, colon and prostate cancer cell lines. Compared with a monofunctional compound, both drug design approaches resulted in multifunctional bioconjugates with increased cytostatic effect.},
  language  = {en}
}